法人の土地売却にかかる税金はいくら？法人税の計算方法や特例・節税対策を解説

「法人が土地売却した場合、どのくらい税金がかかるの？」と、法人が所有する土地を売却する際には不安を感じる方も多いでしょう。

個人と法人では土地売却した際の取り扱いが異なり、課税される税金の種類も税額も異なります。

法人にとって土地売却は資金調達の手段のひとつですが、税金について理解していないと所得の最大化ができなくなるかもしれません。

本記事では、法人が土地売却した際にかかる税金について詳しく解説します。

法人税の仕組みや節税対策、注意点を理解し、事業拡大やキャッシュフローの改善に役立てましょう。

土地売却前に知っておくべき法人税の仕組み

土地を売却する前には、次の法人税の仕組みを理解しておきましょう。

• 当期純利益に法人税が発生する
• 土地売却は特別利益・特別損失になる
• 繰越欠損金は10年間計上できる

仕組みを把握すれば節税方法への理解が深まり、法人運営にも役立ちます。

当期純利益に法人税が発生する

法人税は税引き前当期純利益に対して課税されます。

税引き前当期純利益とは、通常の企業活動で得られた利益と臨時に得られた利益から、臨時的に発生した損失を差し引いた利益額です。

土地の売却で得た資金は臨時収益に該当します。

法人税はさまざまな所得を合算し、課税額を計算する総合課税制度を採用しています。

参照元：国税庁 No.2220 総合課税制度

一方、個人が土地を売却した場合は、たとえ売主が給与所得者であっても給与所得に売却金額を加算せず、別々に税額を計算します。

一定の所得を他の所得と分けて課税する方式は分離課税制度と呼ばれます。

参照元：国税庁 No.2240 申告分離課税制度

法人税は総合課税制度により税額を計算する必要があり、年間の経常利益が少なくても、売却益によって税額が増加する場合があるため注意が必要です。

土地売却は特別利益・特別損失になる

法人が土地を売却して資金を得た場合、会計処理項目は特別利益または特別損失として計上されます。

特別利益	会社の業務に関係なく、特別に得た利益
特別損失	臨時に発生した一過性の損失

土地を購入したときよりも高く売却すれば特別利益となり、購入金額よりも安く売却すると特別損失となります。

特別損失を計上すれば経常利益から損失額を控除でき、税引前当期純利益が減少し、法人税の節税につながります。

なお、経常利益とは企業が通常の事業活動をして得られた利益です。

繰越欠損金は10年間計上できる

特別損失が会社の経常利益を上回る場合、最大で10年間、繰越欠損金として計上できます。

繰越欠損金とは、税務上の赤字を翌事業年度の黒字から控除できる制度、または金額を指します。

赤字で控除した結果、黒字がゼロになれば法人住民税の均等割以外の法人税は課税されません。

個人の場合、繰越欠損金は最大で3年しか認められておらず、法人のほうが長い期間にわたって節税できます。

控除しきれなかった赤字は翌事業年度に繰り越せるため、特別損失が多いほど節税効果も大きくなります。

法人による土地売却でかかる税金

法人が土地を売却する際にかかる税金は、次のとおりです。

税金名	概要
法人税	税引前当期純利益に課税される
法人住民税	法人税額に課税される定額の均等割も課される
法人事業税	所得や資本などさまざまな項目に課税される
地方法人税	法人税額に課税される
印紙税	売買契約作成時に課税される

ここからは、それぞれの税金の内容について解説します。

法人税

法人税は、法人が事業活動で得た税引前当期純利益に課税される国税です。

税率は、法人の資本金や事業形態によって異なります。

一般的な企業の法人税率は、次のとおりです。

区分			税率
資本金1億円以下 の法人等	年800万円以下 の部分	下記以外の法人	15％
		適用除外事業者	19％
	年800万円超の部分		23.2％
上記以外の普通法人			23.2％

適用除外事業者とは、過去3年間の事業年度の所得平均金額が年15億円を超える法人です。

参照元：国税庁 No.5759 法人税の税率

法人住民税

法人住民税は、地域社会の財源となる地方税です。

都道府県民税と市町村民税を合計した税額が法人住民税であり、均等割と法人税割で構成されています。

法人住民税の均等割は、都道府県民税は資本金、市町村民税は資本金と従業員の数によって税額が7万円から300万円までの範囲で変動します。

また、法人税割の計算方法は次のとおりです。

都道府県民税	法人税額 × 1.0％
市町村民税	法人税額 × 6.0％

法人住民税は、税引前当期純利益に対してではなく、法人税額に対して課税されます。

参照元：総務省 法人住民税

法人事業税

法人事業税は、法人が事業をおこなう際に利用する行政サービスの費用負担として納める地方税です。

業種や資本金によって税率は異なり、資本金1億円以下の普通法人では次のような税率が課されます。

課税標準	各事業年度の所得	税率
所得割	年400万円以下の部分	3.5%
	年400万円超から年800万円以下の部分	5.3%
	年800万円超の部分	7.0%

所得割の他には付加価値割や資本割、収入割もあり、業種によって適用される課税標準や税率が異なります。

参照元：総務省 法人事業税

地方法人税

地方法人税は、都市部と地方の税源の偏りを是正するために創設された国税です。

業種や資本金によって変動はなく税率は一律です。

課税標準法人税額 × 10.3%

課税標準法人税額とは、各事業年度の所得に対する法人税の額です。

つまり、所得に直接課税されるわけではなく、地方法人税は法人税額に対して課税される税金です。

参照元：総務省 地方法人税（国税）

印紙税

印紙税は、課税文書を作成する際に課される国税です。

土地を売却する際に作成する課税文書は売買契約書です。

税額は次の表のとおり、売買代金によって変動します。

売買金額	印紙税額
50万円以下	200円
50万円超え100万円以下	500円
100万円超え500万円以下	1,000円
500万円超え1,000万円以下	5,000円
1,000万円超え5,000万円以下	1万円
5,000万円超え1億円以下	3万円
1億円超え5億円以下	6万円
5億円超え10億円以下	16万円
10億円超え50億円以下	32万円
50億円超え	48万円

印紙税は、売買金額に応じた収入印紙を売買契約書に貼付し、割印して納付します。

参照元：国税庁 印紙税額

【停止中】譲渡益に対する追加課税（重課）

譲渡益に対する追加課税（重課）とは、土地を売却する際に税率が上乗せされる税制です。

区分	短期	長期
所有期間	5年以下	5年超え
上乗せ税率	土地譲渡益に対する税率を10％上乗せ	土地譲渡益に対する税率を5％上乗せ

重課は土地価格の上昇を抑制するために設けられましたが、現在は土地取引の活性化を目的として適用が停止されています。

本来は2023年3月31日に停止が解除される予定でしたが、2026年3月31日まで延長されています。

2025年8月現在、2026年度以降に再延長されるかどうかは未定です。

参照元：国税庁 土地の譲渡に係る税制

土地売却でかかる法人税をシミュレーション

実際の課税額を、次の条件でシミュレーションします。

【シミュレーション条件】

資本金	資本金1億円以下の普通法人
従業員数	30人
税引き前当期利益	3,000万円
土地売却で得た譲渡益	2,000万円

【課税所得の計算】

課税所得 = 税引前当期純利益 + 特別利益（または特別損失）

3,000万円 + 2,000万円 = 5,000万円（課税所得）

【法人税の計算】

（1）課税所得 × 15%（年800万円以下の部分） （2）課税所得 × 23.2%（年800万円超えの部分） （1）+（2）= 法人税

（1）800万円 × 15% = 120万円 （2）4,200万円 × 23.2% = 974万4,000円 120万円 + 974万4,000円 = 1,094万4,000円（法人税）

【地方法人税の計算】

地方法人税 = 法人税額 × 10.3% ※100円未満切り捨て

1,094万4,000円 × 10.3% = 112万7,200円（地方法人税）

【法人住民税の計算】

（1）法人税割 = 法人税額 × 7% （2）均等割 = 都道府県民税 + 市町村民税 （1）+（2）= 法人住民税 ※100円未満切り捨て

（1）1,094万4,000円 × 7% = 76万6,000円（法人税割） （2）5万円 + 13万円 = 18万円（均等割） （1）+（2）= 94万6,000円（法人住民税）

【法人事業税の計算】

（1）課税所得 × 3.5%（年400万円以下の部分） （2）課税所得 × 5.3%（年400万円超え年800万円以下の部分） （3）課税所得 × 7%（年800万円超の部分） （1）+（2）+（3）= 法人事業税

（1）400万円 × 3.5% = 14万円 （2）400万円 × 5.3% = 21万2,000円 （3）4,200万円 × 7% = 294万円 （1）+（2）+（3）= 329万2,000円（法人事業税）

【法人税の合計税額】

法人税 + 地方法人税 + 法人住民税 + 法人事業税 = 法人税の合計額

1,094万4,000円 + 112万7,200円 + 94万6,000円 + 329万2,000円 = 1,630万9,200円（法人税の合計額）

シミュレーション条件で計算すると、法人税の合計額は約1,630万円となります。

土地売却時に法人が利用できる税金控除

法人が土地を売却した際に、一定の条件を満たせば、次の税金控除を利用できます。

• 収用等があったときの課税の特例
• 特定土地区画整理事業等のために土地等を譲渡した場合の所得の特別控除
• 特定住宅地造成事業等のために土地等を譲渡した場合の所得の特別控除
• 平成21年及び平成22年に取得した長期所有土地等の1,000万円特別控除

各特例の適用を受ければ、法人税の節税につながります。

収用等があったときの課税の特例

法人所有の資産が収用され、その補償金で代替資産を購入した場合、一定の方法で経理すれば補助金などにかかる法人税を翌期以降に繰り延べできます。

なお、収用とは、土地収用法に基づいて公共団体が土地や建物を取得することを指します。

収用等があったときの課税の特例の適用条件は、次のとおりです。

• 収用等された資産が固定資産
• 代替資産は収用等された資産と同じ種類
• 収用等から2年以内に代替資産を取得する など

本特例と「収用等の場合の5,000万円の特別控除」は、いずれか一方を選択する必要があります。

自社にとってどちらの特例が有利か、慎重に判断して選択しましょう。

なお、特例の利用条件については、国税庁の「収用等があったときの課税の特例」のページで確認してください。

特定土地区画整理事業等のために土地等を譲渡した場合の所得の特別控除

公共団体が施行する土地区画整理事業等のために土地を譲渡した場合、2,000万円または譲渡益のいずれか少ない金額を損金に算入できます。

本特例を利用するためには、次の要件を満たさなければなりません。

• 事業施行者が国や地方公共団体などの特定の団体
• 施行区画が30ヘクタール以上

土地区画整理事業以外にも、都市再開発法による市街地再開発や密集市街地における防災街区の整備などによる譲渡でも認められる場合があります。

どのような開発が対象となるか気になる方は、国税庁の「措置法34条」のページを参照ください。

特定住宅地造成事業等のために土地等を譲渡した場合の所得の特別控除

住宅地造成事業等のために土地を譲渡した場合、1,500万円または譲渡益のいずれか少ない金額を損金として計上できます。

1,500万円の特別控除を利用する場合、次の条件を満たす必要があります。

• 事業施行者が地方公共団体や都市再生機構などの特定の団体
• 租税特別措置法34条の2の規定に基づく譲渡である

本特例を利用できる住宅地造成事業は、航空機騒音障害防止特別地区内にある土地の譲渡や、農業協同組合法による宅地供給事業に対する譲渡などに限られます。

該当する事業について調べる際は、税理士に相談して特例を利用できるか確認しましょう。

平成21年及び平成22年に取得した長期所有土地等の1,000万円特別控除

法人が平成21年または平成22年に取得した土地を長期保有した後に売却した場合、譲渡益から1,000万円を控除できます。

1,000万円の特別控除を利用するための主な条件は、次のとおりです。

• 購入した法人と売主が特殊な関係にない
• 合併や分割などによる取得
• 代物弁済か所有権移転外リース取引としての取得

所有権移転外リース取引とは、リース期間が終わった後も資産の所有権がリース会社に残る契約です。

特例の適用を受ける条件のほかにも、所有権移転外リース取引としてみなされるためにはさまざまな条件があります。

本特例の利用を検討する場合は、国税庁の公式サイト「長期所有土地等の1,000万円特別控除」と「所有権移転外リース取引」の内容を確認したうえで進めましょう。

土地売却する際の法人税の節税対策

特例の利用以外にも、次のような対策を実施すれば法人税の節税が可能です。

• 役員の退職金に充てる
• 設備投資をおこなう
• 新しい不動産を購入する

それでは、土地売却時に活用できる法人税の節税対策について解説します。

役員の退職金に充てる

土地を売却した年に役員の退職金を一括で支払うと、譲渡益の圧縮が可能です。

役員の退職金は損金として計上でき、土地を売却した利益と相殺できます。

一般的に役員の退職金は役員報酬や給与よりも高額となるため、多額の経費を計上できます。

役員にとっても退職金は所得控除の対象となるため、法人税対策のみでなく、個人の所得税対策としても有効な方法です。

ただし、実際に役員が引退しなければ支給できない点や、適正額でない場合は税務上否認される可能性がある点には注意が必要です。

設備投資をおこなう

設備投資をおこなうと、減価償却による利益圧縮効果が得られます。

減価償却とは、固定資産の購入費用を分割して年度ごとに費用として計上する会計処理です。

また、中小企業投資促進税制の適用を受けられる企業であれば、特別償却を利用できます。

特別償却とは、一定の要件を満たす固定資産を取得した場合、減価償却費に加えて追加の償却額を損金として計上できる優遇税制です。

中小企業投資促進税制の適用を受けるためにはいくつかの条件を満たさなければなりません。

条件については、中小企業庁の公式サイト「中小企業投資促進税制」で確認してください。

新しい不動産を購入する

土地売却した資金で新たに不動産を購入した場合、法人税の節税になる場合があります。

たとえば、建物付きの不動産を購入すれば、建物部分の減価償却費を経費として計上が可能です。

法人が特定資産を買い換えた場合、一定額を圧縮記帳できる特例も設けられています。

圧縮記帳は固定資産の取得価額を直接減額する会計処理であるため、減価償却と併用するとより高い節税効果が期待できます。

特定資産の買い換えの適用には条件があるため、利用を検討する場合は国税庁公式サイトを確認したうえで利用できるか調べておきましょう。

法人が土地売却する際の注意点

法人が土地売却する際は、次の点に注意が必要です。

• 建物の売却時のみ消費税が課税される
• 低廉な価額や無償で譲渡すると法人税の対象になる

それでは、土地売却の際の注意点について解説します。

建物の売却時のみ消費税が課税される

売却する土地に建物がある場合、建物の価格に消費税が課されます。

建物付きの土地を売却する際には、建物と土地の価格を分けて消費税を計算しなければなりません。

分け方がわからない場合、建物と土地の固定資産税評価額を参考にしましょう。

たとえば、建物の固定資産税評価額が5,000万円、土地が1億円の場合は建物と土地の評価額の比率は1対2です。

売買価格の総額が2億円と仮定し、1対2の比率を当てはめると、建物価格は約6,700万円、土地価格は約1億3,300万円となります。

低廉な価額や無償で譲渡すると法人税の対象になる

売買相場よりも低廉な価額で売却した場合や、無償で譲渡した場合、法人税の課税対象となります。

低廉な価額とは、一般的に売買相場の50%以下の価格を指します。

無償で譲渡した場合も、低廉な価額で売却した場合も、相場で売却したものとみなされるため注意が必要です。

売買相場が1億円であるにもかかわらず、2,000万円で売却したとします。

差額の8,000万円が譲渡価格に加算され、法人税の計算がおこなわれます。

法人が土地売却したときの税金の仕訳方法

仕訳方法は、売却時にかかる税金によって異なります。

ここからは、課税される税金ごとの仕訳方法について解説します。

法人税・住民税・事業税

法人税や住民税、事業税は法人税等として計上します。

仕訳方法は中間申告時や決算時、確定申告時によって異なります。

【記入例】

仕訳のタイミング	借方の記入例	貸方の記入例
中間申告時	仮払法人税等 1,200,000	当座預金 1,200,000
決算時	法人税等 1,200,000	仮払法人税等 500,000 未払法人税等 700,000
確定申告時	未払法人税等 700,000	当座預金 700,000

ここで紹介している仕訳方法は簡易的なため、未払法人税等の過大計上は考慮していません。

消費税

消費税の仕訳方法は、税込経理方式と税抜経理方式で異なります。

税込経理方式	・租税公課として計上 ・納税時期が翌期にまたがる場合は決算時にいったん未払消費税で計上
税抜経理方式	・仮払消費税や仮受消費税として計上

消費税の中間申告時の仕訳も、税込経理方式と税抜経理方式で勘定科目が変わります。

なお、土地のみの売却には消費税が課税されないため、建物がない場合は消費税の計上は不要です。

印紙税

印紙税は、租税公課として計上します。

6万円分の収入印紙を購入した場合、次のように処理します。

借方の記入例	貸方の記入例
租税公課 60,000	現金 60,000

租税公課とは、事業活動にともなって納付した税金を計上する勘定科目です。

なお、印紙税は租税公課として計上できるため、取得費として土地売却益から差し引けます。

法人の土地売却時の税金に関するよくある質問

法人の土地売却の税金に関するよくある質問は、次のとおりです。

• 土地売却にかかる税金は法人と個人で違う？
• 短期譲渡や長期譲渡による違いはある？
• 経費として計上できる項目は？

ここからは、よくある質問とその回答を紹介します。

土地売却にかかる税金は法人と個人で違う？

土地売却にかかる税金の一部は、法人と個人で異なります。

個人	所得税、復興特別所得税、住民税
法人	法人税、法人住民税、法人事業税

印紙税や登録免許税は個人と法人で変わりませんが、土地売却益に対して課税される税金には違いがあります。

個人に課税される税金は分離課税、法人は総合課税によって税額が計算されます。

短期譲渡や長期譲渡による違いはある？

短期譲渡や長期譲渡による違いは、法人にはなく、個人のみに影響します。

個人が土地を売却する際は、短期譲渡か長期譲渡かによって税率が異なります。

土地を売却した年の1月1日現在で所有期間が5年以下の場合は短期譲渡、5年を超えている場合は長期譲渡です。

個人	短期譲渡の譲渡所得税率39.63% 長期譲渡の譲渡所得税率20.315%
法人	所有期間による税率の変動はない

法人が土地売却する際は所有期間による違いがないため、購入後にすぐに売却しても納税額に違いはありません。

経費として計上できる項目は？

経費として計上できる主な項目は、次のとおりです。

• 仲介手数料
• 印紙税
• 抵当権抹消費用
• ローン返済手数料
• 固定資産税・都市計画税の精算金

土地売却益から経費を差し引けば、法人税の節税につながります。

経費として計上できる項目を理解し、土地売却益を圧縮するようにしましょう。

まとめ

土地を売るときにかかる税金は個人と法人で異なり、譲渡所得税ではなく法人税や法人事業税、法人住民税が課税されます。

法人税は会社の当期純利益に課税されるため、土地の売却代金が業績に加算されることで、課税額が大きくなる場合もあります。

ただし、各種特例を活用したり、設備投資したりすれば法人税の課税額を軽減できるため、節税できる方法を理解することが大切です。

節税方法を実践すれば売却資金を事業拡大に活用しながら、企業の財務体質の強化にもつながります。