1,000万円の土地売却でかかる税金はいくら？計算シミュレーションや節税する方法を解説

2025-09-04

「土地を1,000万円で売却したとき、どのくらい税金がかかるの？」と、税金の負担の大きさについて不安を覚える方もいるでしょう。

売却金額が1,000万円でも、そのまま税金がかかるわけではありませんが、売却した土地の条件や取得費などによって課税額は変わります。

課税額を正確に把握して準備しておかないと、手元に残るお金が予想よりも少なくなるかもしれません。

本記事では土地を1,000万円で売却するときにかかる税金や計算する方法、節税する際の注意点について解説します。

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土地を1,000万円で売却する際にかかる税金

土地を1,000万円で売却する際には、次の税金が課税されます。

印紙税
登録免許税
譲渡所得税・住民税

ここからは、各税金の内容について解説します。

印紙税

1,000万円で土地を売却する際は、売買契約書の作成時に印紙税がかかります。

印紙税とは、課税文書を作成する際に課税される税金です。

税額は売買金額によって変動し、1,000万円で売却した場合は5,000円の印紙税が課税されます。

ただし、印紙税の税額は2027年3月31日までに課税文書を作成する場合の納税額です。

なお、収入印紙は、法務局や郵便局で購入できるため、所定の場所で収入印紙を購入しておきましょう。

参照元：国税庁印紙税額

登録免許税

土地に設定された抵当権を抹消する場合、登録免許税が課税されます。

登録免許税とは、法務局に登記を申請する際に課税される税金です。

抵当権を抹消する場合、申請1件につき1,000円の登録免許税が課税されます。

登録免許税は台紙に収入印紙を貼付して、登記申請書とともに法務局に提出します。

通常は収入印紙の使い回しを防ぐために割印しますが、登録免許税の納税の際は割印しなくても罰則はありません。

参照元：国税庁 No.7191 登録免許税の税額表

譲渡所得税・住民税

土地を売却した際に譲渡所得（利益）が発生すると、所得税や復興特別所得税、住民税が課税されます。

譲渡所得税は、不動産の所有期間によって税率が変わります。

売却した年の1月1日現在、所有期間が5年以下だと短期譲渡所得、5年を超えると長期譲渡所得が適用されます。

短期譲渡所得と長期譲渡所得の税率は、次のとおりです。

区分	短期譲渡所得	長期譲渡所得
譲渡所得税の税率	30%	15%
復興特別所得税の税率	0.63%	0.315%
住民税の税率	9%	5%
税率の合計	39.63%	20.315%

なお、譲渡所得が発生した場合、土地を売却した年の翌年の2月16日から3月15日までに確定申告と所得税、復興特別所得税の納税をおこないます。

参照元：国税庁 No.1440 譲渡所得（土地や建物を譲渡したとき）

土地を1,000万円で売却するときの税金の計算方法

土地を1,000万円で売却するときの譲渡所得税は、次の手順で計算します。

譲渡所得を計算する
適用できる特例控除を確認する
税率を掛けて税額を求める

それでは、譲渡所得税の計算方法について解説します。

1：譲渡所得を計算する

譲渡所得税を計算する際は、最初に譲渡所得を算出します。

譲渡所得を算出する方法は、次のとおりです。

譲渡所得 = 収入金額 -（取得費 + 譲渡費用）

収入金額とは土地の売買金額で、取得費は売却した土地を購入したときの代金と諸費用です。

また、譲渡費用とは、土地を売却する際に支払った諸費用を指します。

2：適用できる特例控除を確認する

譲渡所得を計算した後は、課税譲渡所得を求めます。

課税譲渡所得 = 譲渡所得 – 特別控除

特別控除を利用する場合、譲渡所得から控除額を差し引きます。

なお、特別控除の代表例は、次のとおりです。

特例控除の名称	控除額
収用等により土地建物を譲渡した場合	5,000万円
マイホームを譲渡した場合	3,000万円
被相続人の空き家を譲渡した場合	3,000万円もしくは2,000万円

特別控除の適用を受けるためには条件があるため、制度を利用できるかどうか不動産会社や税理士に確認しましょう。

参照元：国税庁 No.1440 譲渡所得（土地や建物を譲渡したとき）

3：税率を掛けて税額を求める

課税譲渡所得を計算した後は、税率を掛けて譲渡所得税や復興特別所得税、住民税を求めます。

譲渡所得税 = 課税譲渡所得 × 税率

税率は短期譲渡所得と長期譲渡所得で異なります。

短期譲渡所得の合計税率：39.63%
長期譲渡所得の合計税率：20.315%

土地を売却した年の1月1日時点で所有期間が5年以内の場合は短期譲渡所得の税率を用い、5年を超えている場合は長期譲渡所得の税率を用いて計算します。

なお、マイホームを売ったときの軽減税率の特例を利用すると、長期譲渡所得よりも低い税率が適用されます。

1,000万円の土地売却で利用できる特例

1,000万円でも売却した場合、譲渡所得税が課税される可能性もあります。

課税される場合には、次の特例を利用して節税につなげましょう。

マイホームを売ったときの特例
マイホームを売ったときの軽減税率の特例
特定のマイホームを買い換えたときの特例
被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特例
相続財産を譲渡した場合の取得費の特例
譲渡損失の損益通算及び繰越控除の特例

ここからは、各特例について解説します。

なお、各特例の適用を受けるためには、さまざまな条件を満たさなければなりません。

条件の内容については国税庁の公式サイトで確認するか、不動産会社や税理士に相談ください。

マイホームを売ったときの特例

マイホームを売ったときの特例を利用すれば、譲渡所得から3,000万円を控除できます。

特例の適用を受けるには、次の条件を満たす必要があります。

現在住んでいる自宅の売却
転居日から3年経過した日の年末までの売却
解体日から1年以内の売買契約
特別な関係以外の方への売却など

自宅を売却した際に利用できるうえに、住まなくなってから一定の期間内であれば適用を受けられます。

また、売買契約後に自宅を解体してから一定期間内に売却した場合も利用が可能です。

なお、マイホームを売ったときの特例は、マイホームを売ったときの軽減税率の特例と併用できます。

特例の内容や詳しい要件を知りたい方は「マイホームを売ったときの特例」のページを参考にしてください。

マイホームを売ったときの軽減税率の特例

マイホームを売ったときの軽減税率の特例を利用すると、長期譲渡所得よりも低い税率が適用されます。

特例の適用を受けるには、次の条件を満たす必要があります。

現在住んでいる自宅の売却
自宅の所有期間10年以上であること
過去3年間に軽減税率の特例を利用していない
特別な関係以外の方に売却することなど

適用を受けられた場合、次の税率が適用されます。

課税譲渡所得6,000万円以下の部分：14.21%
課税譲渡所得6,000万円を超える部分：20.315%

長期譲渡所得の合計税率よりも6%以上税率が下がるため、所得税や復興特別所得税、住民税の節税につながります。

特例の内容や詳しい要件を知りたい方は「マイホームを売ったときの軽減税率の特例」のページを参考にしてください。

特定のマイホームを買い換えたときの特例

特定のマイホームを買い換えたときの特例を利用すると、譲渡所得税の課税時期が繰り延べられます。

特例の適用を受けるには、次の条件を満たす必要があります。

現在住んでいる自宅の売却
所得の合計が3,000万円以下
新居購入で10年以上のローンを受けることなど

自宅を売却した際に譲渡所得が発生した場合、売った年の翌年の確定申告の期日内に譲渡所得税を納税しなければなりません。

しかし、買換えの特例の適用を受けると、住み替えで購入した新居を売却するまで譲渡所得税が課税されなくなります。

なお、納税の時期が、新居売却まで繰り延べされる点には注意が必要です。

特例の内容や詳しい要件を知りたい方は「特定のマイホームを買い換えたときの特例」のページを参考にしてください。

被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特例

被相続人の居住用財産を売ったときの特例を利用すれば、譲渡所得から3,000万円を控除できます。

特例の適用を受けるには、次の条件を満たす必要があります。

亡くなった方がひとりで住んでいた家
昭和56年5月31日以前に建築された建物
区分所有権の不動産でないこと
一定の耐震基準を満たしている建物など

被相続人（故人）が要介護認定を受け、自宅から老人ホームに入居した後、亡くなったとしても特例を利用できます。

ただし、相続が発生する前に被相続人以外の方が建物を利用していた場合、特例の適用は受けられません。

特例の内容や詳しい要件を知りたい方は「相続した空き家を売ったときの特例」のページを参考にしてください。

相続財産を譲渡した場合の取得費の特例

相続財産を譲渡した場合の取得費の特例を利用すると、納税した相続税を取得費として計上できます。

特例の適用を受けるには、次の条件を満たす必要があります。

相続や遺贈で財産を取得した方
財産を取得した人に相続税が課税されている
相続開始から3年10か月以内の売却

不動産を売却した際は取得費として仲介手数料や登記費用などを計上できますが、相続税は取得費として認められません。

しかし、相続税を納付期間内に納税し、相続のあった日の翌日から相続税の申告期限の翌日以後3年を経過する日までに売却すれば特例の適用を受けられます。

特例の内容や詳しい要件を知りたい方は「相続財産を譲渡した場合の取得費の特例」のページを参考にしてください。

譲渡損失の損益通算及び繰越控除の特例

譲渡損失の損益通算及び繰越控除の特例の適用を受けると、給与所得や不動産所得などと損益通算や繰越控除ができます。

特例の適用を受けるには、次の条件を満たす必要があります。

現在住んでいる自宅の売却
売却代金が1億円以下
夫婦や親戚など特別な関係以外の方への売却
自宅を売却した年から3年以内に新居を購入など

損益通算とは一定期間内に発生した利益と損失を相殺できる会計処理で、繰越控除とは特定の年度に発生した損失を将来の利益から差し引けます。

通常、不動産を売却した際に譲渡損失が発生しても、損益通算も繰越控除も利用できません。

しかし、自宅を住み替えのために売却した場合、一定条件を満たすと譲渡損失を給与所得や不動産所得など、別の所得と損益通算や繰越控除ができます。

特例の内容や詳しい要件を知りたい方は「国税庁」のページを参考にしてください。

1,000万円の土地売却でかかる税金をシミュレーション

ここからは、1,000万円で土地を売却する際に譲渡所得税がどのくらい課税されるのか、シミュレーションします。

シミュレーションは、次の条件でおこないます。

収入金額	1,000万円
取得費	100万円
譲渡費用	150万円
所有年数	2年（短期譲渡所得）

それでは、シミュレーションの計算方法について説明します。

特例控除を適用しない場合

特別控除を利用しない場合、課税される譲渡所得税は次のように計算します。

【譲渡所得】

1,000万円 -（100万円 + 150万円）= 750万円（譲渡所得）

【課税譲渡所得】

750万円 – 0円 = 750万円（課税譲渡所得）

【譲渡所得税】

750万円 × 39.63% = 297万2,250円（所得税、復興特別所得税、住民税）

特別控除の適用を受けない場合、譲渡所得税と復興特別所得税、住民税の合計が297万2,250円になります。

相続で受け継いだ土地や古くから所有している土地は、土地価格が安い時代に取得した可能性もあり、1,000万円で売却しても多額の税金が課税される場合もあります。

3,000万円特別控除を適用する場合

3,000万円特別控除の適用を受けた場合、譲渡所得税の計算は次のようになります。

【譲渡所得】

1,000万円 -（100万円 + 150万円）= 750万円（譲渡所得）

【課税譲渡所得】

750万円 – 3,000万円 = 0円（課税譲渡所得）

特別控除で控除される額よりも譲渡所得が少ない場合、課税譲渡所得はゼロ円になります。

ゼロに税率を掛けてもゼロにしかならず、譲渡所得税は課税されません。

なお、譲渡所得から特別控除を差し引いた結果、マイナスの数字になっても所得税や住民税の還付は受けられません。

取得費がわからない場合

所有している土地を買ったときの代金や購入諸費用がわからない場合、次の式で計算した金額を概算取得費として計上できます。

概算取得費 = 収入金額 × 5%

シミュレーションの場合、収入金額の5%が概算取得費となるため50万円となります。

一般的に概算取得費で計上できる金額は少なく、あまり譲渡所得税の節税にはつながりません。

将来の売却を見越して、不動産を購入した際は購入代金や諸費用の領収書を必ず保管しましょう。

参照元：国税庁 No.3258 取得費が分からないとき

1,000万円の土地売却時に節税する際の注意点

1,000万円の土地売却時に節税する際は、次の点に注意が必要です。

特例と住宅ローン控除は併用できない
譲渡所得がある・特例を適用する場合は確定申告が必要
取得費・譲渡費用がわかる書類を準備する

それでは、注意点の内容について解説します。

特例と住宅ローン控除は併用できない

譲渡所得税の節税につながる特例と、住宅ローン控除は併用できません。

税制上の公平を保つ必要があるため、国税庁は二重に節税できる制度は一般的に併用を認めていません。

特例と住宅ローン控除の併用が認められていないため、住み替えする際はいずれの制度を利用するのかどうかを検討する必要があります。

どの制度が節税につながるかを見極め、自身にとって有利な制度を選択してください。

譲渡所得がある・特例を適用する場合は確定申告が必要

土地を売却した際に次のいずれかを満たす場合、確定申告が必要になります。

譲渡所得が発生した場合
特例を利用する場合

特別控除の適用を受けて譲渡所得がゼロになったとしても、確定申告しなければなりません。

確定申告の期間は、土地を売却した翌年の2月16日から3月15日までです。

確定申告については国税庁の公式サイトに、必要書類や記入例が記載されています。

自身で申告するのは難しいと感じる場合は、税理士に確定申告を依頼しましょう。

取得費・譲渡費用がわかる書類を準備する

譲渡所得税の節税を図るためには、取得費や譲渡費用がわかる書類の準備が不可欠です。

解説したとおり取得費がわからないときは、概算取得費5％で税金を計算するため、納付額が高額になる可能性があります。

また、できる限り譲渡費用を計上したほうが節税につながりますが、証明できる書類を用意する必要があります。

確定申告の時期までに書類を揃える必要があるため、土地を売り出す際に事前に準備しておきましょう。

1,000万円の土地売却で発生する税金以外の諸費用

1,000万円の土地を売却する際は、税金以外にも次の費用がかかります。

不動産仲介手数料
解体・測量にかかる費用
必要書類の取得にかかる費用

それでは、税金以外の諸費用について解説します。

不動産仲介手数料

不動産仲介会社を利用して土地を売却すると、仲介手数料がかかります。

仲介手数料は次の計算式のとおり、売買金額によって変動します。

計算式	売買代金
仲介手数料 = 売買金額 × 3% + 6万円	400万円超
仲介手数料 = 売買金額 × 4% + 2万円	200万円超400万円以下
仲介手数料 = 売買金額 × 5%	200万円以下

土地を1,000万円で売却した場合、仲介手数料は税抜き36万円です。

仲介手数料には10%の消費税がかかるため、不動産会社に支払う金額は39万6,000円になります。

解体・測量にかかる費用

土地上に建物がある場合、境界が不明確な場合は解体費用や測量費用がかかります。

一般的な木造の2階建、延べ面積30坪の解体費用は約80〜150万円です。

また、測量費用は一般的な土地で40〜70万円程度です。

解体費用も測量費用も負担の大きい費用であるため、複数の解体業者や土地家屋調査士から見積もりを取得して金額を比較しましょう。

必要書類の取得にかかる費用

土地売却時には、次の書類が必要となります。

書類の名称	取得費用
印鑑証明書	一通につき300円前後
住民票	一通につき200円前後

印鑑証明書も住民票も、住んでいる市町村で取得できる書類で引渡し時に必要となります。

印鑑証明書は必須で、住民票は現在の住まいと登記簿に記載されている所有者の住所が異なる場合にのみ必要な書類です。

土地を購入してから一度でも引越しをしている場合は、住民票の取得が必要になると考えておきましょう。

1,000万円の土地売却時の税金に関するよくある質問

1,000万円の土地売却時の税金に関するよくある質問は、次のとおりです。

確定申告しないとどうなる？
消費税は発生する？
土地売却時の税金の納税時期は？

ここからは、よくある質問とその回答を紹介します。

確定申告しないとどうなる？

確定申告しないとどうなるかは、土地を売却した方によって異なります。

譲渡所得が発生した方、特例を利用した方が確定申告しないと罰則の対象となります。

罰則の代表例は無申告加算税や重加算税、延滞税の課税です。

土地を売却する際は、確定申告が必要となる条件を把握し、余分な税金が発生しないように準備しましょう。

消費税は発生する？

土地を売却する際、売買代金には消費税は発生しません。ただし次の費用を支払うときに消費税が課税されます。

仲介手数料
司法書士への報酬（登記費用）

仲介手数料と司法書士への報酬は、どちらも10%の消費税が課税されます。

なお、譲渡所得の計算をする際は、譲渡費用に消費税を含めても問題ありません。

土地売却時の税金の納税時期は？

土地売却時の税金の納税時期は、次のとおりです。

税金の名称	納税時期
印紙税	売買契約書作成時
消費税	仲介手数料支払い時司法書士への報酬の支払い時
登録免許税	抵当権抹消登記の申請時
所得税復興特別所得税	売却した年の翌年の確定申告時
住民税	売却した年の翌年6月以降

納税時期は税金によって異なるため、事前に資金を準備しましょう。