住宅ローン控除は年末調整が必要？2年目以降の必要書類・書き方や還付金額を解説

住宅ローン控除はマイホームを購入した方の税負担を軽くする非常に有利な制度です。

しかし、1年目の確定申告を終えた後、2年目の年末調整で具体的にどのような手続きが必要なのか、書類をどう書けばよいのか迷う方も少なくありません。

住宅ローン控除の2年目以降の手続きは、税務署と銀行から届く2枚の書類を勤務先に提出するのみで完了します。

本記事では、住宅ローン控除の2年目以降の手続きについて、必要書類の入手時期や具体的な書き方、還付金の目安、紛失時の対処法などを詳しく解説します。

住宅ローン控除を2年目以降も賢く正確におこないたい方は、ぜひ参考にしてください。

住宅ローン控除とは？

住宅ローン控除は、住宅ローンを利用してマイホームを購入した方の金銭的負担を軽減するための制度で、正式名称を住宅借入金等特別控除といいます。

まずは、住宅ローン控除の基本的な仕組みと、控除を受けるために満たすべき条件について解説します。

住宅借入金等特別控除の概要

住宅借入金等特別控除とは、住宅ローンを利用してマイホームを新築・購入・増改築した方の税負担を軽減する代表的な優遇措置です。

年末のローン残高に応じて、所得税や住民税の一部が控除されます。

所得金額から差し引く所得控除ではなく、算出された税額から直接差し引く税額控除である点が大きな特徴で、家計に対する減税効果が非常に大きい制度といえます。

なお、所得税から控除しきれない場合は、翌年分の住民税から一定の範囲内で差し引かれる仕組みです。

住宅借入金等特別控除の適用条件

住宅ローン控除の主な適用要件は、次のとおりです。

• 自らが居住する住宅であること
• 床面積が原則50㎡以上（条件により40㎡以上も可）
• 返済期間が10年以上の住宅ローンであること
• 控除を受ける年の合計所得金額が2,000万円以下であること
  （※合計所得金額が1,000万円以下の場合は、床面積40㎡以上50㎡未満も対象となる特例があります）

上記の条件は、2026年3月の税制に基づいています。

住宅の環境性能（認定長期優良住宅やZEH水準省エネ住宅など）により、借入限度額や控除期間は細かく設定されています。

そのため、自身の物件がどの区分に該当するかを事前に確認しておくと安心です。

住宅ローン控除の適用には年末調整が必要？

住宅ローン控除の手続きは、1年目と2年目以降で方法が大きく異なり、会社員の方は、2年目からは勤務先の手続きのみで完結します。

ここでは、住宅ローン適用のための1年目と2年目以降の手続きについて解説します。

1年目は確定申告が必要

住宅ローン控除を初めて受ける1年目は、会社員であっても必ず確定申告をおこなう必要があります。

勤務先の年末調整では、初回の控除申請を受け付けられません。

確定申告は、住宅を購入した翌年の2月16日から3月15日までの間に、管轄の税務署へ必要書類を提出しておこないます。

土地・建物の登記事項証明書や売買契約書、借入金の残高証明書など、多くの書類が必要となるため早めの準備が欠かせません。

一度確定申告を完了させれば、税務署に住宅ローン控除の適用対象者として登録されることから、2年目以降はより簡略化された手続きに移行できます。

2年目以降は年末調整をおこなう

2年目以降の住宅ローン控除は、勤務先でおこなわれる年末調整によって手続きが完結します。

税務署へ足を運んだり、確定申告書を作成したりする必要はありません。

年末調整で手続きをおこなう理由は、すでに税務署が1年目の確定申告内容を把握しているためです。

会社を通じて必要な書類を提出すれば、毎月の給与から源泉徴収された所得税との精算が自動的におこなわれます。

ただし、給与所得以外の所得がある場合や、年収が2,000万円を超える場合などは、2年目以降も確定申告が必要になる可能性があります。

自身の状況が年末調整の対象に該当するかを、あらかじめ確認しておくとよいでしょう。

2年目以降の住宅ローン控除の年末調整に必要な書類と書き方

2年目以降の手続きを年末調整で済ませるためには、2種類の重要な書類を用意しなければなりません。

ここでは、必要書類の入手方法と具体的な書き方について解説します。

勤務先に提出すべき必要書類

年末調整で住宅ローン控除を受けるためには、以下の2点の書類を勤務先に提出します。

• 住宅借入金等特別控除申告書
• 借入金の年末残高等証明書

上記は通常、10月から11月頃にかけて手元に届きます。

それぞれの詳細を見ていきましょう。

住宅借入金等特別控除申告書

住宅借入金等特別控除申告書は、正式名称を「給与所得者の（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書」といいます。

1年目の確定申告後に税務署から、控除を受ける残りの年数分（9年分や12年分など）が一度に送付されることが一般的です。

書類の下半分には、税務署長が証明した住宅借入金等特別控除証明書が一体となっています。

紛失しないよう大切に保管し、該当する年度のものを使用しましょう。

借入金の年末残高等証明書

借入金の年末残高等証明書は、住宅ローンを契約している金融機関から送付される、12月末時点でのローン残高を証明する書類です。

10月頃に郵送されてくることが多いですが、初年度や借り換えをおこなった時期によっては到着が前後する場合があります。

万が一、11月を過ぎても届かない場合は、早めに金融機関へ問い合わせましょう。

また、電子交付を希望している場合は、銀行のマイページからダウンロードする必要があるため注意が必要です。

住宅借入金等特別控除申告書の書き方

申告書の作成は、銀行から届いた残高証明書の数字を転記していく作業が中心となります。

記入が必要な項目は、主に次のとおりです。

記入項目	内容
住宅借入金等年末残高	残高証明書に記載された金額を記入
建物・土地の取得対価	申告書の上部に印字されている金額を参考に記入
居住用割合	居住用の場合は100％と記入
住宅借入金等特別控除額	年末残高に控除率を乗じた金額を算出

連帯債務でローンを組んでいる場合は、備考欄に他の債務者の情報を記入し、負担割合に応じた計算が必要です。

国税庁の公式サイトに掲載されている記入例を参考にしながら、一行ずつ正確に埋めていきましょう。

2年目以降の住宅ローン控除の年末調整による還付金はいくら？

還付金額は年末時点のローン残高や所得税額によって変わります。

ここでは還付金の具体的な計算方法と受け取り時期について、わかりやすく解説します。

還付金の計算方法

住宅ローン控除の控除額は、次の式で計算します。

控除額＝年末の住宅ローン残高 × 0.7％

たとえば、年末残高が3,000万円、控除率が0.7％の場合の控除額は、次のとおりです。

3,000万円 × 0.7％＝21万円

控除額は21万円となり、たとえば所得税額が15万円であれば、所得税から15万円が全額還付されます。

さらに引ききれなかった残りの6万円分は、翌年度の住民税から差し引かれる仕組みです。

ただし、実際に納めた所得税額が上限となる点に注意が必要です。

また、住民税からの控除には上限額が設定されているため、必ずしも計算上の控除額がすべて戻ってくるとは限りません。

年収やローンの借入額によって還付される総額は変動することを覚えておきましょう。

還付金の受け取り時期

年末調整による還付は、翌年1月の給与支給時に調整されるケースが一般的です。

多くの場合は、次の形で反映されます。

• 12月の給与で税額調整
• または翌年1月の給与で還付

会社によって処理時期が異なるため、具体的な支給タイミングは勤務先の給与担当部署に確認すると安心です。

給与明細の還付金や年末調整還付金などの項目で確認できます。

なお、住民税からの控除については、直接現金が戻ってくるわけではなく、翌年6月以降に納める住民税が安くなる形で還元される仕組みです。

5月頃に勤務先から配布される住民税決定通知書を確認すれば、控除が正しく適用されているか把握できます。

2年目以降の住宅ローン控除の年末調整はいつまでおこなう？

住宅ローン控除には適用される期間が決まっており、永久に続くわけではありません。

いつまで受けられるのか、中断されるケースはあるのかを確認しておきましょう。

控除期間は最長13年間

現行の制度では、新築住宅の場合、住宅ローン控除を受けられる期間は最長で13年間です。

ただし、入居した時期や住宅の種類によっては10年間となる場合もあります。

2年目の年末調整を終えたあとも、残りの期間は毎年同じように手続きを繰り返します。

税務署から送られてきた住宅借入金等特別控除申告書は、控除期間が終わるまで使い続けるため、適切に管理しなければなりません。

返済の途中で住宅を売却したり、ほかの方に賃貸したりして自身が住まなくなった場合は、その時点で控除の適用が終了します。

再度居住を始めた場合に再適用を受けられる特例もありますが、原則として居住していることが条件となります。

返済期間が10年未満になると控除を受けられない

住宅ローン控除を受けるための絶対条件として、ローンの返済期間が10年以上であることが定められています。

そのため、繰り上げ返済をおこなう際には、期間設定に注意が必要です。

たとえば、返済期間20年の住宅ローンでも、繰り上げ返済により完済までの期間が通算10年未満になると、繰り上げ返済以降の控除は受けられません。

10年の期間は、最初の借り入れからではなく、繰り上げ返済をおこなった後の残り期間を含めた全体の期間で判断されます。

節税効果と利息軽減効果のどちらが大きいかをシミュレーションし、計画的に繰り上げ返済をおこなうことが大切です。

あえて期間を短縮しすぎない選択も一つの方法です。

2年目以降の住宅ローン控除のために年末調整する際の注意点

年末調整は会社が代行してくれますが、書類の準備や期限については自身で責任を持つ必要があります。

よくあるトラブルとその対処法を確認しておきましょう。

必要書類を紛失したときは再発行を依頼する

税務署から届いた申告書や、銀行からの残高証明書を紛失した場合は、速やかに再発行の手続きをおこないましょう。

必要書類がなければ、勤務先で控除の処理ができません。

申告書については、管轄の税務署へ年末調整に係る住宅借入金等特別控除申告書等の再交付申請書を提出すれば再発行が可能です。

窓口だけでなく郵送やe-Taxでも申請できますが、手元に届くまでには1週間から10日程度の時間がかかります。

銀行の残高証明書についても、コールセンターやインターネットバンキングから再発行の依頼が可能です。

年末調整の社内締め切りに間に合うよう、紛失に気づいた時点で早急に動き出すことが重要です。

年末調整を忘れた場合は確定申告が必要になる

万が一勤務先での年末調整に書類の提出が間に合わなかった場合でも、自身で確定申告をおこなうことで、住宅ローン控除を適用できます。

翌年の2月から3月の間に税務署で確定申告をおこなえば、年末調整で受けるはずだった還付金を受け取れます。

ただし、会社での精算に比べて手間がかかり、還付金の受け取り時期も遅くなる点に注意が必要です。

また、数年前の分を忘れていた場合でも、5年前まで遡って還付申告ができます。

気づいた時点で過去の書類を揃え、税務署へ相談しましょう。

書類の再発行が必要になる場合がある

住宅ローンの借り換えをおこなった場合は、書類の取り扱いにとくに注意が必要です。

元の銀行から届いていた書類は使えなくなるため、新しい状況に応じた書類を揃える必要があります。

借り換え後は、新しい金融機関から年末残高証明書が発行されます。

また、借り換えによって借入期間や借入金額が大きく変わった場合、住宅ローン控除の対象外となっていないかや、再計算が必要ないかを確認しなければなりません。

借り換え直後は書類の発行タイミングが通常と異なる場合があるため、余裕を持って金融機関のスケジュールを確認しておくと安心です。

不明な点があれば、借り換え先の担当者に住宅ローン控除の手続きについて質問しておくとスムーズでしょう。

2年目以降の住宅ローン控除の年末調整に関するよくある質問

最後に、住宅ローン控除の2年目手続きに関して多くの方が抱きやすい、次の疑問に回答します。

• 必要書類が間に合わなかったときの対処法は？
• 還付金が少ないと感じる理由は？
• 確定申告を忘れるとどうなる？

同じ疑問を持つ方は、ぜひ参考にしてください。

必要書類が間に合わなかったときの対処法は？

まずは勤務先の担当部署に、いつまでなら年末調整できるのか相談しましょう。

会社によっては、12月の給与計算の直前まで待ってもらえる場合があります。

社内の最終期限に間に合わないことが確定した場合は、住宅ローン控除を適用せず、自身で翌年の2月以降に確定申告をおこないましょう。

確定申告をすれば、年末調整で受け取れなかった控除額を正しく精算できます。

会社に迷惑をかけることを心配しすぎず、正確な手続きをおこなうことを優先しましょう。

還付金が少ないと感じる理由は？

還付金が想定より少ないと感じる場合、すでに所得税から全額控除されており、上限に達しているケースが大半です。

住宅ローン控除は、自身が納めた所得税以上に現金が戻ってくることはありません。

また、iDeCo（個人型確定拠出年金）やふるさと納税など、ほかの控除を併用している場合も考えられます。

ほかの控除を併用すれば、所得税額そのものが少なくなっているため、住宅ローン控除として戻ってくる枠が減ることがあります。

ただし、所得税で引ききれなかった分は住民税から控除されるため、トータルの減税額での判断が必要です。

さらに、住宅ローンの金利上昇や繰り上げ返済によって年末残高が減った場合も、控除額は少なくなります。

自身の源泉徴収票を確認し、控除額の欄がどのようになっているかチェックしましょう。

確定申告を忘れるとどうなる？

1年目の確定申告を忘れた場合、1年目の住宅ローン控除は受けられません。

ただし、期限を過ぎてからでも期限後申告をすれば控除を適用できます。

2年目以降の手続きを忘れた場合も同様に、後から確定申告をすることで還付を受けられます。

還付申告は、その年の翌年1月1日から5年間可能です。

放置すると、大きな減税メリットを逃すことになるため、気づいた時点で必要な書類を揃えて税務署へ向かいましょう。

まとめ

本記事では、住宅ローン控除の2年目以降の手続きについて、必要書類の入手時期や具体的な書き方、還付金の目安、紛失時の対処法などを解説しました。

住宅ローン控除は、2年目から年末調整で手続きができるようになり、会社員の負担は大幅に軽減されます。

税務署から届く申告書と銀行の残高証明書という2つの重要書類を、正しく管理して提出しましょう。

万が一の紛失や期限超過があったとしても、再発行や確定申告によるリカバリーが可能です。

制度の仕組みや控除期間、繰り上げ返済時の注意点を理解し、毎年確実に手続きをおこないましょう。