5,000万円の土地売却でかかる税金はいくら？計算シミュレーションや節税方法を解説

5,000万円で土地を売却した場合、「一体どれほどの税金がかかるのか」「節税対策はあるのか」と不安や疑問を感じている方も多いのではないでしょうか。

土地売却では高額な取引ほど納税額も大きくなるため、事前に正確な仕組みを理解しておくことが重要です。

土地売却では「譲渡所得税」「住民税」「復興特別所得税」など複数の税金が関係し、所有期間や特例の有無によって計算結果が変わります。

この記事では、税金の種類や計算方法、節税につながる特例まで詳しく解説します。

読み進めれば、自身の状況に当てはめながら納税額の目安をつかみ、効果的な節税方法を把握できるはずです。

大きな資産を守るための第一歩として、土地売却に関する税知識をここで確認しましょう。

5,000万円の土地売却でかかる税金の種類

土地を5,000万円で売却すると、利益が出た場合にさまざまな税金が発生します。

土地売却で関係する主な税金は次の3つです。

税金の種類	納付タイミング
印紙税	売買契約書に貼付
登録免許税	土地引渡し時に発生
所得税・住民税	売却した翌年2月中旬〜3月中旬

それぞれの税金は支払うタイミングや金額が異なり、譲渡益の大きさによっては数百万円規模になる可能性があります。

とくに、5,000万円規模の土地売却では納税額が増える傾向があるため、税金の内容と計算方法を正しく把握しておくことが大切です。

印紙税

印紙税は、土地売買契約書に印紙を貼付することで納税となる税金です。

契約金額に応じて税額が決まり、5,000万円の土地売買契約では1万円となります。

記載された契約金額	税額	軽減後の税額 （2027年3月31日まで）
500万円を超え1,000万円以下	1万円	5千円
1,000万円を超え5,000万円以下	2万円	1万円
5,000万円超1億円以下	6万円	3万円

収入印紙は、郵便局や法務局などで購入できますが、地方の郵便局では1万円以上の印紙が購入できないこともありますので、注意が必要です。

ただし、電子契約を採用すれば印紙の貼付が不要となり、印紙税も発生しません。

高額取引では小さなコスト削減でも効果があるため、電子契約は注目されています。

なお、契約書の原本を複数作成する場合には、部数に応じて印紙を貼る必要があります。

コピーに印紙税は課されませんが、原本の数を事前に確認しておくことが大切です。

登録免許税

土地を売却する際、売主が負担する代表的な登録免許税は抵当権抹消登記にかかるものです。

住宅ローンを利用して土地を購入している場合、売却の前提としてローンを完済し、抵当権を抹消する必要があります。

抵当権抹消登記の登録免許税は不動産1筆につき1,000円で、引き渡し時に納付する必要があり、司法書士に依頼するときに渡すのが一般的です。

そのため、実際には登録免許税のほかに司法書士報酬も発生します。

なお、買主が負担する所有権移転登記の登録免許税（固定資産税評価額×1.5％）とは区別されるため、売主は「抵当権の抹消手続き」に必要な費用をあらかじめ把握しておくことが大切です。

参照元：国税庁 No.7191 登録免許税の税額表

所得税・住民税

5,000万円で土地を売却し利益が出た場合、譲渡所得に対して所得税と住民税が課されます。

譲渡所得は「売却価格 −（取得費 + 譲渡費用）」で算出します。

なお、税率は譲渡所得の金額によって変動するのではなく、所有期間の長さで決まる点が大きな特徴です。

所有期間は「売却した年の1月1日現在」で判定され、5年以下なら短期譲渡所得、5年超なら長期譲渡所得に区分されます。

税率	短期譲渡所得 （所有期間5年以下）	長期譲渡所得 （所有期間5年超）
譲渡所得税	30％	15％
復興特別所得税	0.63％	0.315％
住民税	9％	5％
税率合計	39.63％	20.315％

所有期間が5年を超えるかどうかで税率は大きく異なります。

さらに、居住用財産の3,000万円特別控除や公共事業収用による特別控除などの特例を活用できれば、課税所得を大きく減らせる可能性があります。

土地売却を検討する際は、所有期間と控除の適用可否を必ず確認し、最終的な税額を正確に把握しましょう。

5,000万円の土地売却でかかる税金の計算方法

土地売却で最も重要なのは「実際にいくら税金を支払うのか」を正しく計算することです。

税額は一律ではなく、売却価格・取得費・譲渡費用、さらに控除や特例の有無によって大きく変わります。

ここでは、土地売却でかかる税金の具体的な計算方法を確認していきましょう。

土地の売却額を確認する

まずは、土地の売却額を正しく確認しましょう。

売却額は税額計算の出発点であり、誤った金額を基準にすると納税額も大きくずれてしまいます。

税額を正確に把握するためには、契約内容を丁寧に確認することが欠かせません。

売却額を確定したうえで、次に「取得費」や「譲渡費用」を差し引き、課税対象となる「譲渡所得」を算出します。

取得費・譲渡費用を算出する

土地売却で課税額を正しく計算するには、取得費と譲渡費用を正確に算出する必要があります。

これらの金額を把握できていないと、譲渡所得が大きく見積もられ、本来納付しなくてよい税金を支払う可能性があるため注意してください。

取得費や譲渡費用の一例は、次のとおりです。

取得費	・印紙代 ・土地購入時の代金 ・登録免許税 ・不動産取得税 ・仲介手数料など購入にかかった費用
譲渡費用	・仲介手数料 ・測量費用 ・建物の解体費用など

たとえば、土地を2,000万円で購入し、登記費用や仲介手数料を含めて合計2,200万円だった場合、2,200万円が取得費です。

売却時に仲介手数料100万円を支払ったとすると、譲渡費用は100万円となります。

なお、取得費が不明な場合は「概算取得費」が適用され、売却額の5％が取得費として認められます。

自分で取得費や譲渡費用が判断できないときは税理士へ相談し、適切に計算してもらうと安心です。

特例・特別控除を調べる

土地売却では、税制上のさまざまな特例や控除が設けられています。

適用できる控除を確認することで、課税対象となる譲渡所得を大幅に減らせる場合があります。

代表的な特例は次のとおりです。

特別控除	控除額
マイホームを譲渡した場合	3,000万円
被相続人の空き家を譲渡した場合	3,000万円または2,000万円
収用などで土地建物を譲渡した場合	5,000万円

たとえば、自宅の土地を5,000万円で売却し、譲渡所得が2,700万円だった場合、マイホーム特例（3,000万円控除）を適用すると課税されません。

ただし、各控除の適用条件は細かく定められているため、専門家のアドバイスが必須です。

適用可否や手続き方法については、不動産会社や税理士などに確認しましょう。

課税譲渡所得金額に税率を掛ける

土地売却で支払う税金は、まず譲渡所得を算出し、その金額に税率をかけて計算します。

譲渡所得の計算式は次のとおりです。

譲渡所得 ＝ 売却額 −（取得費 ＋ 譲渡費用）

譲渡所得が算出できたら、土地の所有期間に応じて税率をかけて税額を計算します。

• 短期譲渡（所有5年以下）：39.63％
• 長期譲渡（所有5年超）：20.315％

たとえば、5,000万円で売却した土地の譲渡所得が2,700万円の場合、税額は所有期間によって次のとおりです。

区分	税率	税額の目安
短期譲渡所得	39.63％	約1,070万円
長期譲渡所得	20.315％	約548万円

税率には所得税・住民税・復興特別所得税が含まれており、売却益が大きいほど税額も高額になります。

早い段階で所有期間を確認し、自分が短期譲渡に該当するのか長期譲渡なのかを把握しておくことが、資金計画を立てるうえで重要です。

5,000万円の土地売却でかかる税金をシミュレーション

5,000万円で土地を売却した場合、譲渡所得が発生すれば数百万円単位の税金が発生する可能性があります。

所有期間や取得費の有無によって大きく金額が変わるため、具体的なイメージをつかむことが重要です。

ここでは、次の3つのケースに分けてシミュレーションします。

• 短期譲渡所得の場合
• 長期譲渡所得の場合
• 取得費がわからない場合

それぞれのケースで譲渡所得と税額を計算し、実際の税負担イメージを確認しましょう。

短期譲渡所得の場合

土地を購入してから5年以内に売却した場合は「短期譲渡所得」となり、税率は39.63％と長期に比べてかなり高く設定されています。

たとえば、取得費と譲渡費用の合計が3,000万円で、5,000万円で売却したケースを考えてみましょう。

譲渡所得は次の計算式で求められます。

譲渡所得 ＝ 売却額 −（取得費 ＋ 譲渡費用）＝ 5,000万円 − 3,000万円＝ 2,000万円

譲渡所得の2,000万円に短期譲渡の税率39.63％をかけると、税額は約790万円になります。

短期間で売却すると、利益が出ても課税額が大きいため、手元に残る資金が少なくなる点に注意しましょう。

長期譲渡所得の場合

土地を5年超所有して売却した場合は「長期譲渡所得」となり、税率は20.315％に下がります。

短期譲渡と比べて約半分の水準です。

先ほどと同じ条件（売却額5,000万円、取得費＋譲渡費用3,000万円）のケースで計算してみましょう。

譲渡所得 ＝ 売却額 −（取得費 ＋ 譲渡費用）＝ 5,000万円 − 3,000万円＝ 2,000万円

譲渡所得2,000万円に長期譲渡の税率20.315％をかけると、税額は約406万円です。

長期譲渡にするだけで短期譲渡所得よりも300万円以上納税額が少なくなるため、手取り額を最大化したい方は所有期間を必ず確認しましょう。

取得費がわからない場合

昔に購入した土地で、契約書や領収書が残っていないケースも少なくありません。

取得費が不明な場合は「概算取得費」が適用されて、売却額の5％を取得費にみなし計算することになります。

たとえば5,000万円で売却し、譲渡費用を考慮しないシンプルなケースで計算すると、取得費は250万円です。

概算取得費 ＝ 売却額 × 5％＝ 5,000万円 × 0.05＝ 250万円

取得費が250万円の場合、譲渡所得は次のとおりです。

譲渡所得 ＝ 売却額 −（概算取得費 ＋ 譲渡費用）＝ 5,000万円 −（250万円 ＋ 0円）＝ 4,750万円

さらに、所有期間が5年を超える長期譲渡所得の税率20.315％をかけると、税額は約965万円になります。

概算取得費が適用されると、譲渡所得が本来より大きく計算されてしまうため、課税額も大幅に膨らみます。

可能であれば、当時の領収書や売買契約書などを確認し、正確な取得費を把握しておきましょう。

5,000万円の土地売却時に利用できる特例

5,000万円で土地を売却した場合、譲渡所得があれば税金が課されます。

ただし、一定の条件を満たすと「特例制度」を活用でき、課税額を大幅に減らしたり、場合によってはゼロにできたりするケースもあります。

代表的な特例は、次のとおりです。

• マイホームを売ったときの特例
• マイホームを売ったときの軽減税率の特例
• 特定のマイホームを買い換えたときの特例
• 収用等により土地建物を売ったときの特例
• 被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特例
• 相続財産を譲渡した場合の取得費の特例
• 譲渡損失の損益通算及び繰越控除の特例

どの特例を利用できるかによって、実際に納める税額は大きく変わります。

ここからは、それぞれの特例について詳しく見ていきましょう。

マイホームを売ったときの特例

居住用の土地や建物を売却した場合、最大3,000万円まで譲渡所得から控除できる特例があります。

主な要件は次のとおりです。

• 売却するのが自宅（居住用財産）
• 引越しから3年経過した年の年末までに売却
• 解体後の売却は、解体から1年以内の契約
• 親族など特別な関係者以外への売却

たとえば、譲渡所得が2,500万円の場合、この控除を適用できれば課税額はゼロとなり税金は発生しません。

詳しい要件については、国税庁の「マイホームを売ったときの特例」を確認してください。

マイホームを売ったときの軽減税率の特例

マイホームを10年以上所有して売却した場合、「軽減税率の特例」が使える可能性があります。

通常の長期譲渡より低い税率が適用されるのが特徴で、主な要件は次のとおりです。

• 居住用のマイホームを売却
• 所有期間が10年以上
• 過去3年以内にこの特例を利用していない
• 親族など特別な関係者以外への売却

課税譲渡所得が6,000万円以下の部分は14.21％で課税されるため、節税効果が大きくなります。

詳しい要件などは、国税庁の「マイホームを売ったときの軽減税率の特例」を確認しましょう。

特定のマイホームを買い換えたときの特例

売却益をもとに新しいマイホームを購入する場合、買い換え特例で課税を将来に繰り延べることができます。

支払う税金を後回しにできるため、一時的な資金負担を軽減できる点がメリットです。

主な要件は次のとおりです。

• 居住用のマイホームを売却
• 売却した年の合計所得金額が3,000万円以下
• 10年以上の住宅ローンを組んで新居を購入

ただし、税金は免除されるわけではなく、新居を将来売却する際に課税される点を理解しておきましょう。

適用要件の詳細は、国税庁の「特定のマイホームを買い換えたときの特例」を参考にしてください。

収用等により土地建物を売ったときの特例

公共事業などで土地・建物が収用された場合、収用特例により譲渡所得の全部または一部が非課税となるケースがあります。

主な要件は次のとおりです。

• 国や自治体など公共事業による収用
• 売った資産と同じ種類の資産を買い換える
• 一定の期間内に代わりの資産を取得する

該当するケースでは非常に大きな節税効果が見込めるため、収容による売却の場合は必ず確認しておきましょう。

詳しい要件は、国税庁の「収用等により土地建物を売ったときの特例」に掲載されています。

被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特例

相続した空き家を売却する場合、一定の条件を満たせば最大3,000万円の特別控除が利用できます。

主な適用要件は次のとおりです。

• 被相続人がひとりで居住していた住宅
• 昭和56年5月31日以前に建築された家屋
• 区分所有建物（マンション等）ではない
• 建物を耐震改修または取り壊し後の売却
• 相続時から売却時までに賃貸に出していない

控除額が大きいため、該当する場合はぜひ確認しておきたい特例です。

詳しくは「被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特例」を確認しましょう。

相続財産を譲渡した場合の取得費の特例

相続で取得した土地や建物を売却する際には、相続税の一部を取得費に加算できる特例があります。

主な要件は次のとおりです。

• 相続や遺贈による財産の取得
• 相続税が課税されている
• 相続開始の翌日から3年10か月以内の売却

特例の適用を受けるためには、相続税の申告書控えを保存しておくことが欠かせません。

詳しい情報は国税庁の「相続財産を譲渡した場合の取得費の特例」を参考にしてください。

譲渡損失の損益通算及び繰越控除の特例

土地売却で損失が出た場合には、給与所得など他の所得と損益通算ができる特例があります。

本来、不動産の譲渡による損失は給与など、他の所得は相殺できませんが、この特例を使えば損益通算（相殺）が認められ、税負担を軽減できます。

さらに、控除しきれなかった損失は最長3年間の繰り越しも可能です。

主な要件は次のとおりです。

• 居住用の土地・建物の売却
• 売却代金が1億円以下
• 親族など特別な関係者以外への売却

住み替えを前提とする場合、新居を3年以内に取得することも適用要件に含まれます。

詳しくは、次の国税庁のページを確認してください。

• マイホームを買い換えた場合に譲渡損失が生じたとき
• 住宅ローンが残っているマイホームを売却して譲渡損失が生じたとき

5,000万円で土地売却する際の注意点

土地を売却する際に利用できる特例や控除は、誤解したまま進めると想定外の税負担が生じたり、控除が受けられなかったりするリスクが生じます。

とくに、次の3点は事前に確認しておきたいポイントです。

• 特例と住宅ローン控除は併用できない
• 売却益がある場合や特例を利用する場合は確定申告が必要
• 取得費・譲渡費用の計上漏れを防ぐ

それぞれの注意点を詳しく解説していきます。

特例と住宅ローン控除は併用できない

マイホーム売却に関する特例（3,000万円特別控除、軽減税率の特例、買い換え特例など）は、原則として住宅ローン控除と併用できません。

併用できない理由は、売却益に対して課税を軽減する制度と、新しく購入した住宅ローンに対して減税する制度は重複適用できないためです。

ただし、譲渡損失の損益通算・繰越控除など一部の特例は併用でき、特例を使用した場合であっても3年後から住宅ローンを併用できるようになります。

新居購入を予定している方は、どちらを利用したほうが有利かを試算したうえで判断しましょう。

売却益がある場合や特例を利用する場合は確定申告が必要

土地を売却して利益が出た場合はもちろん、特例を使って税金がゼロになる場合でも、原則として確定申告は必要です。

とくに、3,000万円特別控除やマイホームの軽減税率などは、申告しないと適用されません。

「利益が出ていないから不要だろう」と自己判断してしまうと、後から税務署に指摘されるリスクもあるので注意してください。

売却益があるときや特例を利用する際は、売却年の翌年2月16日〜3月15日の間に忘れず確定申告をしましょう。

取得費・譲渡費用の計上漏れを防ぐ

土地売却で税金を正しく計算するためには、取得費・譲渡費用を正確に計上することが欠かせません。

項目	内容
取得費	・印紙代 ・購入代金 ・仲介手数料 ・登録免許税 ・登記費用など
譲渡費用	・測量費 ・解体費 ・売主が特別に依頼した広告の費用 ・仲介手数料など

正しく申告しないと、本来払わなくてもいい税金を余分に負担することになります。

各種取得費や譲渡費用の領収書や契約書を整理しておき、適切に経費として申告しましょう。

5,000万円の土地売却時に必要な税金以外の費用

土地を5,000万円で売却する際には、税金だけでなくさまざまな費用がかかります。

とくに、次のような費用は金額が大きくなることが多いため、売却前に確認しておくことが大切です。

• 仲介手数料
• 解体費用
• 測量費用

それぞれの費用の特徴や注意点を順番に見ていきましょう。

仲介手数料

不動産会社に売却を依頼する場合、成功報酬として仲介手数料が発生します。

売買価格が400万円を超える場合、仲介手数料の上限は法律で「売却価格×3％＋6万円＋消費税」と定められており、5,000万円で売却した場合は約171万円が目安です。

支払いは契約時と決済時に分けておこなわれるケースもあるため、いつ・いくら支払うのかを事前に確認しておくと安心です。

解体費用

古家付きの土地を売却する場合、買主からの要望に応じて建物を解体し、更地にして引き渡すことがあります。

解体費用は、建物の構造や延べ床面積、立地条件によって大きく変動します。

たとえば、鉄骨造や鉄筋コンクリート造は、木造よりも解体に手間がかかるため費用も高額になりやすい点に注意が必要です。

解体費用の相場は次のとおりです。

構造	1坪当たりの相場	費用相場（30坪の建物）
木造	3〜5万円	90〜150万円
軽量鉄骨造	4〜7万円	120～210万円
鉄筋コンクリート造	6～8万円	180～240万円

このほか、庭石やブロック塀の撤去などが必要な場合には追加費用が発生します。

業者によって見積もり額に数十万円以上の差が出ることもあるため、複数社を比較して早めに準備を進めましょう。

測量費用

土地の境界がはっきりしていない場合は、専門家による測量が必要です。

取引で一般的におこなわれるのは「確定測量」で、境界を明確にし、隣地所有者との合意を図面に反映させます。

費用は30万〜100万円程度が目安で、建物の有無や土地の形状によって変動します。

測量結果は登記に反映されるため、買主に境界が明確であることを示せて境界トラブルのリスクを減らせます。

また、正確な境界がわかることで、売却価格交渉もスムーズに進む傾向があります。

5,000万円の土地売却で相談するならファンズ不動産

5,000万円規模の土地を売却する場合、譲渡所得税だけでなく、仲介手数料や解体費用、測量費用など、想定以上に多くの支出が発生することがあります。

これらを事前に把握せずに進めると、手元に残る金額が大きく変わる可能性もあります。高額な取引だからこそ、費用全体を整理しながら進めることが重要です。

判断に迷った際は、5,000万円の土地売却について相談できる相手として、ファンズ不動産も選択肢の一つとして検討してみるとよいでしょう。

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他社では取り扱いが難しいと言われた物件でも、まずは一度相談してみる価値があるでしょう。

5,000万円の土地売却時の税金に関するよくある質問

土地を5,000万円で売却する際、税金に関する疑問や不安はよく聞かれます。

ここでは、支払い時期や確定申告の要否、さらには少しでも高く売るコツまで、よくある質問に沿ってわかりやすく解説します。

税金の支払い時期や期限はいつ？

土地を売却した場合、税金の支払いタイミングは種類によって異なります。

税金の種類	納付タイミング
印紙税	売買契約書に貼付
登録免許税	土地引渡し時に発生
所得税・住民税	売却した翌年2月中旬〜3月中旬

納税は一括払いが基本ですが、申請すれば延納や分納も可能です。売却代金を受け取った時点で、あらかじめ納税資金を確保しておくのがおすすめです。

土地を少しでも高く売るコツは？

土地を高値で売るためには、まず複数の不動産会社に査定を依頼して相場を把握することが基本です。

一括査定サービスを活用すれば、効率よく比較できます。

また、古家がある場合は、リフォームせず「古家付き土地」として売り出したほうが、結果的に高値がつくこともあります。

売却する土地の立地条件や需要に応じて、古家付き土地にするか解体するか、販売戦略を検討しましょう。

確定申告が不要なケースとは？

土地を売却した際、利益が出なかった（譲渡損失となった）場合は、確定申告をおこなわなくてもよいケースもあります。

一方で、損益通算や繰越控除を受けたい場合、また各種特例を利用する場合は必ず確定申告が必要です。

「自分の場合は不要かもしれない」と判断するのは難しいため、迷ったときは税理士や専門家へ相談しましょう。

まとめ

5,000万円の土地を売却すると、印紙税・登録免許税に加え、所得税や住民税といった大きな税負担が発生します。

さらに、仲介手数料や測量費用、解体費用などの諸経費も考慮しなければなりません。

売却益が出る場合は翌年に確定申告が必要で、「3,000万円特別控除」や「軽減税率の特例」を活用すれば納税額を抑えられる可能性があります。

土地を売却する際は、取得費や譲渡費用を正確に計算することが余計な課税を防ぐ第一歩です。

税制は複雑で毎年改正の可能性もあるため、早めに情報を収集し、必要に応じて不動産会社や税理士に相談しましょう。